John Alex McCone est le directeur de la CIA. Pris de panique par le lancement du Metal Gear de Gene, McCone s'échappe rapidement, escorté de ses deux gardes du corps, pour cacher des documents extrêmement importants. Direction un abri anti-atomique sous les bureau de la CIA. Mais dans les couloirs du complexe, il croise Adam, mieux connu sous le nom de Revolver Ocelot, qui est très intéressé par ces documents concernant les Patriotes. McCone insiste auprès d'Ocelot :

"C'est une liste des membres. Des tas des données. Les lieux où les morceaux de l'Héritage ont été dispersés dans le monde. Même si les Etats-Unis disparaissent dans une tempête atomique, aussi longtemps que nous avons ces documents, les Philosophes renaîtront" Ravis d'entendre ces paroles, Ocelot tue rapidement les trois hommes et s'empare des précieux documents.

Officiellement, John Alex McCone s'est suicidé. La conclusion officielle mentionne qu'il se sentait responsable du lancement de Metal Gear, et qu'il ne l'a pas supporté.





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