S3 correspond aux trois premières lettres de « Sélection pour la Santé mentale de la Société ». Contrairement à « Simulation de Solid Snake » comme le croyait Solidus. Ce dernier pensait que ce plan était une simulation afin de fabriquer le soldat parfait. Il s'agit d'un plan mis au point par les Patriotes pour contrôler la volonté et la conscience humaine. Raiden a été le cobaye de ce plan durant son aventure.
Pierre Berret (vert) :
"Tout, tout, tout,
vous saurez tout sur Metal Gear"