Deux ans après Shadow Moses...

La nuit est tombée. Snake marche sur un pont à New York. La pluie tape sur son poncho. Soudain il décide de jeter sa cigarette et ses pas s'accélèrent et se transforment en course. Il abandonne son ciré derrière lui et active du même coup son camouflage optique. Et d'un saut de l'ange magistral, Snake se jette dans le vide et termine sa chute sur le tanker Discovery, juste après s'être détaché de son élastique. Mais que s'est il passé depuis deux ans ? Depuis ces incidents sur Shadow Moses ?

A peine s'être remis de son saut, Snake joint par Codec Otacon, vieil ami de sa dernière aventure. Depuis les événements en Alaska, ils ont formés tout les deux Philantropy, une O.N.G. ayant pour but de dénoncer les dangers de Metal Gear. Les plans du précédent Metal Gear semblent avoir été vendus sur le marché noir de l'armement et chaque nation possède désormais son propre Metal Gear. D'ailleurs, d'après certaines infos recueillies par Otacon, la marine transporterait à bord de ce tanker, un nouveau type de Metal Gear américain. C'est pourquoi Snake se trouve en ses lieux. Sa mission est simple : photographier ce nouveau prototype afin d'alerter les médias du monde entier. Mais tout ne se passe pas comme prévu....

Soudain, Snake est témoin d'assassinats de l'équipage par une escouade de terroristes amenés par hélicoptères. Bien vite il comprend que ces nouveaux venus son russes. La tâche s'annonce difficile, Snake n'est désormais plus seul sur le coup.

Après avoir déjoué de nombreux pièges, Solid Snake arrive enfin dans la cale, nez à nez avec le nouveau prototype tant convoité, appelé le Metal Gear Ray. Grandes particularités de cette nouvelle version, Ray est capable de détruire les autres Metal Gear et il est également amphibie. Voilà donc la raison pour laquelle la marine est derrière tout ça.

A peine ses photos envoyées, Snake est de nouveau témoin d'un événement effroyable. En effet, devant lui apparaît son pire ennemi de Shadow Moses : Shalashaska alias Revolver Ocelot. Ce dernier n'hésite pas à s'emparer du Metal Gear et de s'échapper du tanker avec fracas sous le nez de Snake et des marines impuissants. Le tanker n'est cependant pas intact et il coule très rapidement. Solid Snake est officiellement mort noyé. L'histoire peut alors commencer.