Six ans après les événements de Metal Gear Solid 3, la guerre froide est toujours présente, bien que plus calme lorsque débute cette aventure. Snake (alias Big Boss) se réveille sans trop savoir pourquoi dans une cellule d'une prison au fin fond de l'Amérique du Sud. Depuis MGS 3, il a quitté FOX pour une retraite bien méritée. Mais un ancien agent de la CIA le malmène en l'interrogeant. C'est pourquoi il est complètement perdu ne se souvenant pas comment il est arrivé jusqu'ici. Très vite, il fait la connaissance d'un Béret Vert portant le nom de Campbell, également tenu prisonnier dans une cellule voisine.

Snake apprend par la suite que le responsable des ces incidents n'est d'autre que Gene comandant d'une une milice rebelle composés d'anciens membres de FOX. Ne supportant pas la direction tranquille que prend la guerre froide, Gene est bien décidé à bâtir une nation où règne des soldats. Et pour ce faire, il prévoit la construction d'une arme nucléaire très puissante.

Très vite Snake et Campbell, blessé à la jambe, s'échappent de prison à bord d'un camion. C'est alors qu'ils décident de monter une armée, tel un Che Guevara, pour combattre ces traîtres et mettre hors course le plan machiavélique de Gene. Durant cette aventure, Snake sera également épaulé par des personnages bien connus de Metal Gear Solid 3.

Metal Gear Solid Portable Ops est donc une véritable suite à MGS3, et non pas un épisode parallèle. D'ailleurs, Kojima a précisé que Metal Gear Solid 4 en fera référence dans son scénario. Formidable titre que voilà pour la portable de Sony. Et pour cause... La richesse du gameplay est énorme. Il faudra passer du temps à recruter des hommes aussi bien militaire que civil, qu'américain que soviétique. Et ce, de bien des manières différentes ! Bref, vous l'aurez compris, ce MGS ne nous laissera pas un arrière goût acide...