MG2 : Solid Snake est considéré comme la véritable suite du premier Metal Gear. Cette séquelle est heureusement dirigée par Kojima San.

Le Zanzibar Land, nation d'Asie centrale menée par des mercenaires, détient en otage un biologiste tchèque du nom de Kio Marv, génial inventeur du microbe d'épuration du pétrole OILIX. Zanzibar Land, à son tour, possède une arme très dangereuse.

Solid Snake est de nouveau appelé. C'est Roy Campbell, ancien membre de Fox Hound, qui en est maintenant le commandant. Snake réussi à pénétrer dans la base secrète de Zanzibar. Il est aidé par un membre de la CIA : Horry ainsi que par le professeur Pettrovich qui a été a nouveau enlevé afin qu'il remette sur pied le projet Metal Gear. Ce dernier apprend à Snake la présence de Big Boss à Zanzibar. Snake libère le professeur avec l'aide de Natasha, son garde du corps. Alors que Natasha et Pettrovich traverse un pont, un missile vient les percuter. Natasha n'y survivra pas. et Pettrovich est fait à nouveau prisonnier sous les yeux de Snake, impuissant. Snake fait face à son meilleur ami : Grey Fox, membre de Fox Hound, est aussi le leader des mercenaires de Zanzibar. Il conseille à Snake de partir, avant de disparaître. Malgré sa ténacité, il arrive trop tard. Snake découvre à côté de Pettrovich, le professeur Marv mort. Il apprend ensuite par Horry que Pettrovich est en réalité ici de son plein gré pour terminer le projet Metal Gear. Ce dernier devient belliqueux, et Snake se voit obliger de s'en débarrasser. Ensuite Snake détruit le Metal Gear avec à son bord Grey Fox. Le combat se termine à main nue dans un champ de mines. Fox est vaincu.
Big Boss attend Snake. Une nouvelle fois les deux hommes se battent. Snake sort vainqueur du duel. Les derniers mots de Big Boss sont adressés à Snake:

"Qu'importe le vainqueur, notre combat n'a pas de fin. Le vaincu est enfin libre de quitter le champ de bataille, mais le vainqueur est condamné à y errer pour toujours. Et ce survivant ne pourra vivre qu'une vie de combattant, jusqu'à ce que enfin il ne périsse aussi." Après cette mission, Solid Snake s'est retiré, seul, en Alaska...