1962, en pleine crise de conscience, Sokolov, un scientifique soviétique expert dans la fabrication de moteurs de fusée, demande de l'aide aux américains de pouvoir, lui et sa famille, passer à l'ouest. C'est Major Zero qui fut chargé de cette mission. Elle se termina par un formidable succès. Mais le 28 octobre de la même année, la crise de Cuba contraint les américains de remettre Sokolov aux agents du KGB, évitant ainsi que cette tension s'aggrave.

De retour au pays, Sokolov est obligé de travailler sur le Shagohod, un tank mobile nucléaire qui a toutes les chances de mettre l'URSS en très bonne position dans la Guerre Froide face aux Etats-Unis.

1964, au petit matin, un avion américain survole le ciel soviétique en toute illégalité. A l'arrière de l'appareil, on y retrouve Snake cigare au bec, qui se prépare calmement. Mais impertinent, il attend avec une certaine impatience le signal de son supérieur Major Zero. Et soudant, la cale s'ouvre bruyamment, invite la lumière du soleil à prendre place dans l'appareil... Le vent s'y engouffre. Le cigare fraîchement écrasé, profite de la bourrasque pour s'envoler dans le ciel. Snake, lui, s'approche du vide en tâtonnant doucement. Et soudain, dans son casque, raisonnent quelques mots. Le signal, enfin !!! Snake se retourne une dernière fois, avant de se lancer dans le vide. La chute est longue, très longue. Les nuages se dissipent peu à peu. Le moment est venu pour Snake de déployer son parachute. Doux moment de sérénité. Sous ses pieds s'étend enfin son prochain terrain de jeu : la jungle de Tselinoyarsk.

Les branches des arbres sont les premières à accueillir Snake lors de son atterrissage. Là, au sommet de l'un d'eux y est accroché sa sacoche qu'il a perdu. En voilà une bonne raison pour se dégourdir les jambes ! Après un rapide coup d'oeil de l'état des lieux, il est temps pour Snake de faire le point par radio avec Major Zero. Snake, agent d'élite du groupe FOX, doit agir vite et efficacement. Sa mission est simple, il doit à tout prix libérer Sokolov retenu en otage dans l'usine désaffectée de Rassvet, sans laisser aucune trace. En d'autres mots, il est un fantôme, même dans le pire des cas. Arrivé sur les lieux, Snake ne tarde pas à retrouver Sokolov qui brûle avec vivacité les plans du Shagohod. Après quelques recommandations, les deux hommes se mettent en route pour le point d'extraction.

Mais sur le chemin du retour, Snake fait une rencontre troublante. Là, face à lui, de l'autre côté du pont, se trouve The Boss, son mentor qu'il affectionne tout particulièrement. Elle lui apprend qu'elle est passée à l'Est, sous les ordres du colonel Volgin. Complètement déconcerté, Snake comprend qu'elle n'est pas prête de les laisser passer. C'est alors que sous ses yeux ébahis, Sokolov se fait enlevé par hélicoptère. A bord, l'unité de The Boss, les Cobras, accueille le scientifique apeuré. Snake n'a pas d'autre choix que d'affronter son ancien mentor. Cependant, il est tellement troublé par ces événements que The Boss n'en fait rapidement qu'une bouchée. Sous un cri de douleur, le bras cassé par une prise de CQC, Snake se fait éjecter du pont chutant d'une cinquantaine de mètres, terminant sa course dans la Dolinovodno, une rivière particulièrement houleuse...

Agonisant sur le rivage quelques instants plus tard, Snake est témoin de l'explosion du centre de recherche de Sokolov, provoquée par Volgin grâce à l'une des deux têtes nucléaires que The Boss lui a offertes en signe de confiance. Les secours en route, Snake, désemparé, n'a pas dit son dernier mot. Ainsi peut débuter l'opération Snake Eater...