Liquid Ocelot veut propager davantage la guerre pour recréer la monde parfait dont Big Boss a toujours rêvé : un monde dans lequel les soldats auront toujours leur place. Pour ce faire, Liquid Ocelot serait capable détourner le SOP à son avantage. C'est pourquoi, Campbell demande à Snake de mettre un terme à l'insurrection de Liquid avant qu'il ne soit trop tard. Un assassinat qui cible le propriétaire d'une grande multinationale, qui plus est de PMCs, se doit de rester secret. De plus, ce n'est pas une mission officielle commanditée par Washington, et encore moins d'une demande de l'ONU. Liquid Ocelot se trouve pour le moment au Moyen-Orient. Là bas se joue une guerre entre rebelles constituée de minorités ethniques et le régime au pouvoir. Les PMCs qui compose la majeure partie de l'armée au pouvoir est sous le contrôle de Liquid Ocelot.
Trois jours plus tard, Snake s'infiltre donc au Moyen-Orient dans un camion de transport déguisé en rebelle. Sous couvert d'une mission humanitaire de l'ONU avec l'aide de l'armée américaine, son premier objectif est d'entrer en contact avec RAT PT 01, une unité de forces spéciales assignée à l'unité d'enquête de la PMC de l'armée, la CID (Criminal Investigation Command). Comme d'habitude, Snake ne dois pas laisser de preuves de son intervention, et encore moins celle de l'ONU. Sur place, il fait bien vite la connaissance de «
Praying Mantis », la PMC qui fait face aux rebelles. Armée jusqu'aux dents, cette PMC possède des armes redoutables, de nouveaux tanks mobiles bipèdes très rapides appelé Gekkos, de véritables poisons pour Snake et la redoutable unité
Beauty and the Beast. C'est pourquoi la rencontre de Drebin 893 lui sera d'un grand secours.