Neuf mois plus tard, elle a donné naissance à deux Big Boss : Snake et Liquid. Ils étaient nés comme des enfants normaux du ventre de leur mère, même si ils étaient des clones, et que leur ADN avait été manipulé.
Mais le projet Les Enfants Terribles était la goutte d'eau qui fit déborder le vase entre Zero et Big Boss. Big Boss se sépara des Patriotes, bien déterminé à contrecarrer les plans de Zero. Il quitta les Etats-Unis et créa sa propre entreprise de mercenaires, puis erra à travers le monde. Big Boss n'a jamais voulu de Snake. La vie humaine ne devrait pas être manipulée comme ça. Eva le savait, mais elle voulait Snake. Après le départ de Big Boss, Zero a vraiment pété les plombs. Il rêvait d'un monde ordonné, gouverné par des règles. Sa fortune augmentait au fil des guerres et ses opinions influençaient les décisions au plus haut niveau jusqu'au bureau Ovale. Avec l'avènement de la société numérique, de l'informatique, d'Internet et de la génétique, les Patriotes sont devenus plus puissants. Ils commencèrent à s'implanter dans le monde entier. Petit à petit, les Patriotes dirigeaient des nations entières depuis les coulisses. Et sans s'en rendre compte, les Patriotes s'étaient autoproclamés les policiers du monde, en mettant la Terre entière sous leur contrôle.
Leurs intentions étaient bonnes, mais leur application n'était pas parfaite. Zero utilisa des armées, développa des armes et chercha à contrôler les gens en possession d'informations pour gagner plus d'argent. Ses désirs de contrôler l'intérieur depuis l'extérieur l'obsédaient. Cependant, Big Mama a du mal à imaginer que c'est ce que voulait The Boss. Zero et Big Boss ont tous les deux mal interprété la volonté de The Boss. Et leur profond respect pour elle les a séparé. C'est ainsi que la Guerre froide entre Zero et Big Boss a commencé. Deux interprétations différentes, chacune voulant s'approcher le plus près de The Boss. Tout ce qui arrive aujourd'hui vient de leur Guerre froide. Différences raciales, religieuses, idéologiques. Cette guerre qu'ils ont causé n'a rien de différents avec d'autres erreurs humaines. Tout a commencé par un petit désaccord qui est devenu une véritable division.