L'histoire de Metal Gear Solid 4 : Guns of the Patriots

En ce moment, à bord du Missouri, Mei Ling utilise la dernière transmission du Mk II pour prévoir l'itinéraire le plus probable du navire de Liquid. Ce dernier se trouve bien en ce moment sur l'île de Shadow Moses. Le niveau des océans augmente à cause du réchauffement de la planète. Bientôt, tout l'archipel Fox va être submergé par l'océan. La venue de Liquid sur Shadow Moses ne peut signifier q'une chose. Il va bien utiliser REX. Dans tous les Metal Gear, on a implanté des ID de Système, mais pas à REX. Le centre de recyclage de Shadow Moses est resté intact depuis l'incident, il y a neuf ans. Le président d'ArmsTech et le chef du DARPA ont été tués, et le Secrétaire à la défense a été arrêté. Une fois l'incident de Shadow Moses terminé, il ne restait plus une seule personne qui savait ce qui s'y était passé. Les données ont été falsifiées ou effacées pour ne laisser aucune trace. Et tous les témoins comme Mei Ling ont été mutés dans des bureaux pour cette même raison. REX et les bombes devraient être intacts, là où ils étaient il y a neuf ans. Snake et Otacon doivent à tout prix arrêter Liquid tant qu'il est encore temps. Quant à Mei Ling, elle se dirige également vers l'île abandonnée pour apporter son soutien. Son bateau, le Missouri, est presque le seul navire de la flotte à pouvoir encore bouger, car il avait été décommandité avant la mise en place du Système...

Couché sur un lit, Raiden est toujours sous traitement d'une dialyse. Mais malgré sa faiblesse, il supplie Snake de l'accompagner. La petite Sunny, qui s'occupe de lui n'est pas du tout de cet avis. Mais Raiden est obstiné. Snake refuse parce qu'il a une famille, alors que lui n'a pas de futur. Dans quelques mois, Snake va devenir une arme de destruction massive...