L'histoire de Metal Gear Solid 4 : Guns of the Patriots

Enfin, Otacon réussi l'opération. Le ver progresse dans le réseau de GW. Les Gekkos nains, les Frogs, Ray, toutes les forces du Haven sont réduites à néant. Snake et Otacon viennent de réussir leur mission et leurs amis sont sauvés. Mais Otacon fait une merveilleuse découverte. Le ver se diffuse dans GW, et dans le reste du réseau. En ce moment, il supprime les autres clones dont JD qui est en train d'être effacé ! Aussitôt, les lumières de la salle des serveurs s'éteignent.

Là, sur les murs, est projetée l'image de Naomi. Il s'agit d'un message enregistré avant sa mort. Il est adressé à Snake et à Otacon. Naomi leur explique que le virus qu'ils ont téléchargé a utilisé GW comme un tremplin pour détruire tout le réseau IA. Il est censé détruire les quatre IA, y compris JD, le coeur qui les reliait toutes. Naomi a fait en sorte que cette vidéo soie lue après leur suppression. Sons of the Patriots n'était que le début.

Les Patriotes prévoyaient d'utiliser les nanomachines pour appliquer ce Système à toute la population. Naomi avait une obligation de l'arrêter. Sunny l'a aidée car elle pensait que les talents de la petite fille pouvaient aider à arrêter GW. Sunny a créé un anti-IA FOXDIE. Le nom de ce virus est FOXALIVE. Le concept qui le sous-tend est le contraire des nanomachines que Naomi a créées il y a toutes ces années. Ensuite, Naomi s'adresse à Otacon, en lui disant qu'elle est désolée de l'avoir déçu. Ça lui faisait vraiment du mal de lui mentir comme elle l'a fait. Elle voulait s'en excuser avant de mourir, mais elle n'en avait jamais eu l'occasion. Ses dernières phrases sont adressées à Snake, fatigué et mourant dans la salle des serveurs.