Naked Snake (Big Boss, Snake, Saladin, John, Jack)
"Sur un champs de bataille, un nom ne signifie rien; au bout d'une semaine, plus personne n'a de nom". On ne connait pas le véritable nom du futur Big Boss. Toute fois, il se fait appelé Jack et John. Sa date et son lieu de naissance sont également tenus secrets. On sait juste qu'il est américain d'origine japonaise. Snake fait partie de Fox, une unité spéciale d'intervention qui agit dans des situations très périlleuses dans le plus grand secret. Il a été le disciple de The Boss avec qui il a une relation très forte. A deux, ils ont inventé le CQC (Close Quarters Combat), le combat corps à corps. Snake a travaillé dans le passé, pour la CIA et a été Béret Vert. Il est donc loin d'être un bleu, les milieux hostiles et la survie ça le connait !
Son surnom lui a été donné pars son commandant, Major Tom, lors de sa mission en territoire soviétique où il devait libérer et escorter un otage d'importance, le scientifique Nicolai Sokolov. Ne pouvant pas porter sur lui un équipement qui trahirait sa nationalité si sa mission échouerait, Naked Snake ne devait compter que sur lui même, évitant dans ce cas tout incident diplomatique entre l'URSS et les USA. Il était donc aussi nu qu'un serpent dans l'immensité de la jungle.
Lors de cette mission, Snake fût le premier à effectuer le saut "Halo" qui est un saut en très haute altitude dont l'ouverture du parachute se fait en basse altitude, évitant de se faire repéré par l'ennemi.
Le bandana légendaire de Snake appartenait originellement à The Boss. Lorsqu'il appris qu'elle passa du côté de l'ennemi, Snake lui arracha son bandana pendant un combat, avant de faire une dangereuse chute.
C'est pendant cette mission, que Snake perdra également l'usage de son oeil droit, lors d'une séance de torture avec Volgin.
Naked Snake devait à tout prix arrêter son tortionnaire et son horrible grande soif de pouvoir. Aidé d'Eva, ancien agent de la NSA travaillant pour le KGB, Snake détruit le Shagohod, l'arme de destruction massive que Volgin s'était sauvagement emparé.