Ce projet ambitieux de manipulation des gènes de Big Boss fut nommé "Les enfants terribles". Par la suite, Big Boss quitta les champs de bataille et devint instructeur militaire. Dans les années 1990, il est nommé à la tête de l'unité non officielle FOXHOUND. Fort du capital tant financier qu'humain dont il dispose, il construit secrètement les fondations d'un état militaire indépendant en Afrique du sud, qu'il nomme Outer Heaven. Mais l'O.T.A.N. va découvrir que ce nouvel "état" met au point un véhicule de combat nucléaire, le Metal Gear. Solid Snake, alors membre de FOXHOUND, est donc envoyé sur place pour mettre un terme à ses activités.
C'est à ce moment qu'il découvre que le cerveau qui se cache derrière Outer Heaven n'est autre que Big Boss, le chef de son unité. Big Boss réussit néanmoins à trouver refuge en Asie, et y construit une forteresse militaire qu'il appelle Zanzibarland. Une fois encore, Solid Snake avait donc stoppé net ses ambitions de grandeur, et Big Boss meurt lors de l'émeute de Zanzibar en 1999. Sa dépouille est rapatriée par le gouvernement américain, qui le conserve dans le but de l'utiliser pour le projet des soldats génomes.