Cunningham
Le lieutenant Cunningham est un spécialiste en interrogatoire de Fox, l'unité qui s'est rebellée sur la péninsule de St Hieronymo, sous les ordres de Gene. "Appliquer le type de douleur adéquat, au degré adéquat, au bon endroit", telle est sa devise. Et elle s'avérait très payante, du moins jusqu'à ce qu'il rencontre Naked Snake. Par ailleurs, c'est lui qui est le premier à accueillir Big Boss dès son réveil, enfermé dans sa cellule. Persuadé que Snake connait la réponse, Cunningham ne cesse de lui poser la même question : "où se trouve la moitié de l'héritage des philosophes, cette somme d'argent amassée par les trois grande puissances durant la seconde guerre mondiale ?"
La grande particularité physique de cet homme n'est d'autre que sa prothèse en titane qui remplace sa jambe droite. Suite à son accident, on ne lui confia plus que des boulots de gratte-papier, ce que Cunningham ne supporta pas.
Ancien agent de la CIA, le lieutenant Cunningham travaille en réalité pour le Pentagone, et il n'est pas sous les ordres de Gene. La CIA prenant de plus en plus d'ampleur (suite aux événements tels que la Baie des Cochons en 1961, les opérations secrètes au Vietnam, etc.) le Pentagone, se sentant fortement menacé, décide d'agir au plus vite. C'est là qu'intervient Cunningham. Sa principale mission est de décréditer à tout prix la CIA en laissant Gene envoyer le Metal Gear sur le sol russe, et ce grâce à l'intervention de Snake qui veut empêcher celui-ci d'agir.
Le missile nucléaire étant de conception russe, et Gene, qu'un "vulgaire" révolutionnaire, le Pentagone ne prenait aucun risque dans cette action. Ainsi le département de la défense reprendra son pouvoir sans difficulté, à condition que Cunningham mène à bien la deuxième partie de sa mission...