Pour ce faire, il a en sa possession un David Crockett, un lance missile nucléaire miniature, de conception russe. Une fois que Gene aura lancé le Metal Gear, il ne restera plus qu'à Cunningham de détruire la base sur la péninsule. De cette manière, toutes les preuves gênantes des actions douteuses du Pentagone envers la CIA seront détruites.
Mais lors de leur dernière rencontre, Cunningham propose à Snake de prendre sagement l'hélico qui l'attend sur l'héliport et de le laisser terminer d'agir. Ainsi, une fois sa terrible mission terminée, tous les deux seraient récompensés à leur retour au pays.
Mais Snake, conscient d'avoir été manipulé, n'accepte pas une seconde son horrible proposition. Beaucoup d'innocents trouveraient la mort, aussi bien ici sur la base, que là-bas en Russie. Snake est fermement décidé à l'empêcher d'agir.
Ce fut alors leur dernière confrontation. Cunningham mort et la victoire en poche, Snake s'empare du David Crockett...