Shadow Moses (année 2005)

Dans le secret le plus total, les mystérieux Patriotes constituent l'autorité suprême des Etats-Unis. Le président américain George Sears se rebelle contre cette organisation qui fait de lui un vulgaire pantin. Sears, alias Solidus Snake, confie les tâches « délicates » à son homme de main, Revolver Ocelot : ce dernier manipule Liquid Snake, le chef d'un groupe terroriste, afin de capturer Metal Gear REX.

La contre-attaque des Patriotes est orchestrée par Richard Ames. Il enrôle à cette fin l'agent de l'unité spéciale FOXHOUND, Solid Snake (qui est par ailleurs le frère de Liquid Snake) ainsi qu'« Otacon » Emmerich. Les deux hommes ignorent bien sûr qu'ils sont au service des Patriotes. Ocelot perd son bras droit à Shadow Moses. Liquid Snake y perd la vie. Par la suite, Ocelot se fera greffer le bras droit de son camarade décédé.


Ocelot vend les plans de Metal Gear Rex aux gouvernements de nombreux pays. Suite à la dissolution de son unité, Solid Snake prend sa retraite et fonde avec son ami Otacon « Philanthropy » : cette organisation lutte contre la menace que fait peser sur le monde l'existence de Metal Gear. La victoire de Snake à Shadow Moses en a fait un héros - ce qui n'était pas prévu dans le programme des Patriotes. Ils rectifieront cette erreur de parcours deux ans plus tard...