La technologie utilisée dans FOXDIE a été incorporée, plus exactement héritée. par SOP. C'est pour ça que Liquid m'a ordonnée de l'aider à détourner le système, parce que je sais comment FOXDIE marche. S'il te plait, viens me libérer. Liquid a trouvé une faille pour s'introduire dans le système. Les préparatifs de son insurrection sont presque terminés. Il n'y a pas de temps à perdre. Snake, dépêche-toi ! »
Otacon explique qu'il s'agit bel et bien de Naomi sur la vidéo mais il n'écarte pas l'hypothèse d'un piège. Après l'incident de Shadow Moses il y a neuf ans, Naomi fut arrêtée par les autorités. Mais elle s'est enfuie avec une aide extérieure. Solid Snake fut plus que soupçonné de l'avoir aidé, mais le colonel Campbell est certain que Liquid est derrière cette histoire. En Amérique du Sud, il y a un conflit permanant entre un nouveau régime mis en place par les PMCs et une armée rebelle issue de l'ancien régime. Cette PMC «
Pieuvre Armement » est justement l'une des PMCs sous le contrôle de Liquid. Naomi étant leur seule piste, et surtout qu'elle pourrait expliquer le vieillissement accéléré de Snake sans doute à cause de FOXDIE, Snake et Otacon se laissent convaincre d'aller à El Dorado en tant qu'inspecteur de l'ONU comme couverture.
Sur place, dans le village de la vallée de Cove détruit par le conflit, Snake aperçoit furtivement
Vamp, ce qu'il ne le réjouit pas, et l'une des Beauty and the Beast bien décidés à trouver Solid Snake. Prudemment, il s'enfonce dans la montagne, en se sachant désormais attendu. Lors d'un appel par codec, Snake apprends que Campbell s'est marié avec
Rose, l'ex-copine de
Raiden.