Ce dernier a mystérieusement disparu quelques années auparavant, juste après avoir sauvé Sunny des mains des Patriotes. C'est avec un certain dégoût que Snake continue son chemin, mélangé aux rebelles sud américains. Un peu plus tard, Snake reçoit un autre appel qui le trouble d'avantage. Il reconnaît la voix de Raiden. Celle-ci lui dit de prendre garde à l'embuscade qui se prépare autours de lui et des rebelles avant de lui annoncer que Jack (Raiden) est mort.
Après avoir aidé les rebelles à détruire une centrale électrique, Snake rencontre pour la deuxième fois Drebin et
Little Gray, son petit singe, qui semblaient l'attendre. Le trafiquant lui avoue que les nanomachines qui lui a injectés au Moyen-Orient lui permet de le localiser. S'il s'intéresse autant à Snake, c'est parce qu'il allume pas mal de feux sur le champ de bataille. Drebin le met en garde sur les B&B (Beauty and the Beast) C'est un groupe de femmes soldats améliorées, probablement des freelances, engagées par les PMCs. Quand il s'agit de mettre de l'ordre quelque part, elles sont sur le terrain, aux commandes des troupes d'élites. Malheureusement pour Snake, depuis les évènements du Moyen-Orient, elles ont reçu l'ordre prioritaire de le tuer. Derrière les combinaisons des B&B se cachent en réalité de très belles femmes souffrant de stress post-traumatique suite à la guerre. En fait, elles ne sont que des victimes de guerre, elles n'ont jamais été soldats. Leur seul moyen de faire face aux réalités du combat était de devenir des machines de guerre. La bête (beast) c'est ce que l'on voit de l'extérieur, la belle (beauty), est leur part d'humanité qui se trouve à l'intérieur. Mais la belle ne peut vivre très longtemps sans sa combinaison. Elles ont été convaincues qu'en tuant Solid Snake, leurs âmes seraient purifiées. Elles croient que ça les libérera de toute leur douleur, de leur colère et de leur tristesse. D'où leur motivations certaines...