Cependant, le savoir de Drebin interpelle Snake. Mais Drebin affirme qu'il ne travaille pas pour les Patriotes. Les nanomachines que Drebin a en lui ne sont pas militaires, il n'est donc pas soumis à la censure. Drebin apprend à Snake que les Patriotes ne sont plus humains. Qu'aujourd'hui, ils sont une IA qui garantissent l'unité de ce monde en gardant tous le chaos sous contrôle. Les Patriotes sont l'Amérique, la plus grande puissance militaire mondiale. C'est l'économie de guerre à eux seuls. Snake et lui ne sont en réalité que des pièces dans un contexte bien plus important. Chaque aspect du Système des Patriotes est suivi de près par les trois IA périphériques et une IA centrale qui les coordonne toutes. Le système SOP est l'une de ces parties. Tout cela avec un système de contrôle indéréglable. Il est impossible de s'infiltrer de l'extérieur dans l'IA des Patriotes.
Alors que Snake s'approche de l'endroit où est détenue Naomi, les combats s'intensifient de plus en plus. C'est alors que, Raiden appelle à nouveau Snake. Il lui apprend qu'il avait pour mission de trouver la dépouille de
Big Boss pour le chef d'un petit groupe de résistants. Ses disciples l'appellent « Makta pluku » ou «
Big Mama ». En échange de ce service, ils donnèrent à Raiden l'emplacement de Sunny prisonnière des Patriotes.
De son coté, Rose demande à Snake de ne pas dire à Raiden qu'elle participe à cette opération. Après l'incident de la Big Shell, Raiden est devenu instable. Les souvenirs de son enfance lors de la guerre civile au Liberia ont refait surface. Quand il rentrait à la maison, il était ivre mort, parfois recouvert de bleus et de coupures. Campbell essayait de le remettre sur pied, mais Jack l'évitait. Soutenant Rose, le colonel lui conseilla de devenir conseillère psychologique. Elle avait besoin d'oublier, changer d'air, pour avancer.