Lorsque Solid Snake arrive au manoir Vista, Naomi est en pleine discussion téléphonique avec Liquid Ocelot. Ce dernier ne se trouve pas ici, comme Snake l'espérait. Naomi apprend à Snake que ce qu'il a vu au Moyen-Orient, la crise des soldats PMCs, était les émotions des soldats à l'état sauvage. Jusqu'ici, Liquid et Naomi pensaient que SOP était un système de contrôle d'ID conçu pour maintenir l'ordre et garder le contrôle au combat. Ce qui s'avère vrai, mais il ne s'arrête pas là. SOP a une autre fonction, et non des moindres. Il permet de contrôler le sens des gens.
D'ordinaire, l'expérience nous forge, nous rend plus dur. Les vétérans vivent souvent avec des souvenirs douloureux, qu'au fil du temps, ils appréhendent un peu.
Les nanomachines des soldats s'adaptent aux conditions, favorisant la sécrétion de neurotransmetteurs, d'hormones et de stimulateur pour leur donner un avantage au combat. Elles peuvent créer une sensation d'euphorie en relâchant des endorphines au moment ou le soldat tue un ennemi. Ou inhiber certaines hormones pour neutraliser les émotions des soldats et les empêcher de paniquer et de tirer sur les alliés évitant ainsi des massacres inutiles. Tout ceci est contrôlé par l'IA centrale du Système. Elle contrôle la douleur du soldat, ses émotions, ses sens. En d'autres mots, l'essence même de son être. Face aux demandes exponentielles de l'économie de la guerre, de plus en plus de soldats doivent se battre. Ceci a entraîné le développement de technologies pour améliorer rapidement leurs aptitudes aux combats et contrôler leurs actions. Le Système garantit une offre stable de soldats optimisés pour le combat à un coût minimum. Mais contrairement à la technologie du combat, on ne peut pas enseigner l'esprit d'un soldat. Il doit se forger avec l'expérience.
Le test de Liquid Ocelot et de Naomi était de libérer les nanomachines des soldats du système. Mais ils ne savaient pas à propos du contrôle mental. Leur test a été un succès, ce qui a confirmé leur hypothèse du moment.