L'histoire de Metal Gear Solid 4 : Guns of the Patriots

Très bientôt, la partie du virus qui fait la distinction entre les individus disparaîtra, FOXDIE se transmettra aux gens par voie aérienne. Malheureusement, ça n'arrivera pas dans six mois, mais dans trois mois au plus. Il ne reste plus que trois mois à Snake, avant de devenir ce qu'il a traqué toute sa vie, une arme de destruction massive. Dans trois mois, Snake deviendra une véritable arme biologique ambulante. Avec tristesse, Naomi explique à Snake que quand l'hôte meurt, le virus meurt avec lui...

Naomi s'étonne d'une étrange découverte dans les analyses de Snake. Elle y découvre une nouvelle souche de FOXDIE encore jamais identifiée. Cette nouvelle souche se multiplie rapidement, mais il est trop tôt pour que Naomi puisse dire ce qu'elle contient exactement. Snake comprends que c'est Drebin qui lui a injecté cette nouvelle souche dans son corps au Moyen-Orient. Pour soulager Solid Snake de ses crises, Naomi lui donne des seringues qui contiennent la même substance secrétée par les nanomachines à l'intérieur du corps des soldats. Un médicament qui inhibe la capacité des nanomachines à réguler les sensations. Les crises de Snake sont causées par le dysfonctionnement lorsque le Système interfère avec elles. Ça déclanche une réaction incontrôlable dans le corps de Snake. Une injection de ces seringues le soulagera des crises trop sérieuses.

Lorsque Snake pose des questions au sujet de Liquid, Naomi devient troublante et hésitante. Elle affirme que Liquid Ocelot est parti la nuit dernière, mais elle ne peut pas donner sa position pour le moment. Pas encore. Elle raconte à Snake qu'elle ne peut pas partir de sa propre volonté, qu'elle est constamment surveillée. Discrètement, elle chuchote à Snake que Liquid a modifié ses plans. Sans ce Système, son armée s'effondrerait de l'intérieur. A la place, il a choisi de contrôler le Système. L'objectif de Liquid est de détourner le Système SOP. Il l'utilisera pour créer une armée ultime et des soldats parfaits pour mener son insurrection contre les Patriotes.