Liquid Ocelot est là, il les attend à la sortie du tunnel, au bord de la rivière, fumant un cigare comme le ferait Big Boss. C'est avec désespoir que Big Mama découvre le ciboire incendié, coulant dans la rivière. Soudain, l'élite de Liquid, les Frogs, apparaissent et entoure très vite Solid Snake. Là dans un bateau, il découvre Vamp et Naomi. Grâce à elle, Liquid a enfin Big Boss. Pris de rage, Snake s'attaque à Liquid, mais en vain. Ce dernier est bien plus fort, en CQC. Snake est à terre. Même si tu t'empares du Système, s'étonne Snake, tu n'en as qu'une seule partie de l'IA des Patriotes, la partie militaire. Ce à quoi répond Liquid, qu'il possèdera bientôt tout, et ce grâce au GW, l'IA que les Patriotes croient avoir perdu lors des évènements du Big Shell. Liquid contrôle le GW.
A l'époque, le ver que Snake et Raiden avaient injecté n'a réussi qu'à couper GW en petits morceaux. Liquid a pu les reconstruire. De ce fait, il a pu s'infiltrer à l'intérieur du réseau de JD. Le corps de Big Boss l'a bien aidé. Il lui a permis de passer toutes les barrières sécuritaires entre GW et lui. Le Système n'est rien d'autre qu'une machine. Maintenant que GW est un fantôme à l'intérieur du réseau, JD ne le reconnaîtra plus comme une menace extérieure. Quand Liquid aura détruit JD par une frappe nucléaire, le réseau des Patriotes sera définitivement à lui. Il pourra construire son « Haven » à l'abri de toute forme de contrôle. Et il délaisserait son ancienne identité pour assumer son vrai nom pour la première fois.