Solidus était le clone parfait de Big Boss. Zero et les IA proxies qui l'ont suivi étaient convaincus que Solidus, c'était Big Boss. On avait implanté des nanomachines dans Big Boss et maintenu dans un sommeil éternel par IA proxy JD. Ils l'ont entièrement isolé. Pas seulement son corps physique, mais aussi sa volonté. La technologie était similaire à celle qu'ils avaient utilisée pour restreindre les membres des B&B. Pour réveiller Big Boss, le Système devait le détruire d'une façon ou d'une autre. Ocelot et Eva avaient deux objectifs : le ramener à la vie et mettre un terme au Patriotes. Cela signifiait détruire l'IA et tuer l'homme. JD et Zero. Juste avant que Snake télécharge le virus dans le GW, le chemin vers JD était ouvert, mais seulement via la manifestation physique de GW. C'est quand Ocelot, Eva, Naomi et Big Boss ont finalement appris l'emplacement de Zero. Pour eux rien n'était plus important. C'est dans ce but qu'ils ont mis leur grand projet en mouvement.
Eva a volé le corps de Big Boss des Patriotes et l'a reconstitué en remplaçant les parties manquantes avec des parties de Solidus et Liquid. Pour tromper le Système, Ocelot a utilisé les nanomachines et la psychothérapie pour greffer la personnalité de Liquid sur son propre esprit. Il a utilisé la suggestion hypnotique pour se transformer en double mental de Liquid. Malgré les avancées en nanotechnologie, en informatique et en contrôle génétique, ils n'ont pas trouvé de moyen de contrôler les personnes, ni de transformer leurs personnalités. Sous certaines conditions, on peut leur faire jouer un rôle bien précis, les faire agir comme quelqu'un d'autre.