Après la mort de Big Boss, Solid Snake a donc repris son existence austère, vivant en harmonie parfaite avec son environnement. Avec une cabane de bûcheron pour seule habitation, il se nourrit de myrtille sauvage et de saumons, calquant ainsi son régime alimentaire sur celui des animaux des environs. Toutefois, souffrant de stress traumatique post-opérationnel, lié à ses deux premières missions, il est sujet à des hallucinations et doit combattre un sentiment de culpabilité quasi-obsessionnel. Solid Snake trouve néanmoins une échappatoire dans l'organisation de courses de chien de traîneau. C'est d'ailleurs au cours des préparatifs pour la plus prestigieuse course à travers l'Alaska, que le Colonel Campbell le contacte.
Une nouvelle crise l'amènera à refaire surface. Agissant en solitaire sous la direction du colonel Campbell, Snake dut reprendre en mains une grave prise d'otage, orchestrée par des combattants dissidents de FOXHOUND et mené par son propre frère : Liquid Snake. La mission de Solid Snake fut couronnée de succès : il empêche les terroristes de s'emparer de Metal Gear Rex, une machine de guerre dotée de tête nucléaires. Durant cette mission, Snake dut affronter un mystérieux ninja, qui n'était autre que Grey Fox, artificiellement maintenu en vie par une combinaison cyborg.
Après cette aventure, Snake et Otacon créèrent "Philantropy", organisation qui lutte contre le développement de Metal Gear.
Les origines de Solid Snake sont mystérieuses. Il est l'un des enfants de Big Boss et se prénomme David (Dave). Né dans les années 1970, il est le produit d'une technique de clonage appelée "procédure Super Baby".
Solid Snake n'est pas le seul fils de Big Boss, puisqu'il a un frère jumeau qui n'est autre que Liquid Snake. Ils ont tous deux été conçus in vitro suite à la fécondation de l'ovulation d'une femme au quotient intellectuel élevé par le sperme de Big Boss. Le zygote obtenu fut alors divisé en quatre embryons traités de manière à ne garder que les gènes guerriers de Big Boss.
Ensuite ils ont été replacés dans l'utérus de la mère porteuse. Trois d'entre eux sont Snake, Liquid et Solidus.