Après les évènements de Metal Gear Solid 2, le regard du monde a profondément changé. Le naufrage de l'Arsenal Gear sur Manhattan a révélé aux yeux du monde l'immensité du mensonge américain autours de la Big Shell, qui fût jusqu'alors le symbole de l'écologie par excellence. Depuis lors, toutes interventions militaires des Etats-Unis dans d'autres pays sont devenues délicates. Le gouvernement américain y perd tout crédit, et son armée toute confiance. Il n'est plus possible de permettre à une armée, aussi puissante soit-elle, d'endosser un rôle aussi important. Ces problèmes ont entraîné la privatisation des armées militaires, avec les PMCs au coeur de ce mouvement.

Ne suivant aucune nation, ni aucune idéologie, ces sociétés militaires privées (PMCs) ne sont que des entreprises privées animées par le profit. En plus d'envoyer des mercenaires en zones de guerre, ces sociétés privées procurent des armes et forment des soldats locaux. Il n'a pas fallu attendre longtemps pour qu'elles soient adoptées par le monde. La montée de ces PMCs a créé une guerre par procuration. N'importe quel pays, qu'il soit grand ou petit, avec ou sans armée, rebelles soif de pouvoir ou groupements terroristes, tous peuvent s'octroyer les services des PMCs, à condition essentielle de les financer. Ces nouveaux mercenaires ne sont pas commodes et n'ont plus rien à voir avec les mercenaires que l'on connaissait jusqu'à maintenant. Le Pentagone a créé une différence décisive avec un nouveau système de contrôle du champ de bataille entre les mercenaires et les PMCs...

Après avoir délaissé le développement d'armes, ArmsTech Corp s'est intéressé aux outils sécuritaires, devenant ainsi AT Security, La société derrière le développement de ce nouveau système le SOP (Sons Of the Patriots). Ce dernier permet de contrôler totalement en temps réel le champ de bataille en intégrant des infos sur les soldats et les unités à un micro-niveau, mais aussi à un macro-niveau sur les conditions du terrain et des ordres de combats. Les nouvelles nanomachines injectés dans les mercenaires des PMCs suivent en temps réel l'ID et les données personnelles d'un soldat 24h/24, 7/7 : position de chaque soldat, vitesse de ses mouvements, munitions, précision de tir, blessures, rations, consommation d'eau et de réserves, sueur, rythme cardiaque, pression artérielle et glycémie, oxygène... Toutes ces données rassemblées sur la condition physique, sur les organes sensoriels affichent la douleur et la peur. Les données sur chaque réponse interne du corps. Elles sont toutes rassemblées par une IA au coeur même du Système. Le QG des PMC suit ces données, ce qui permet aux commandants de prendre rapidement les décisions rationnelles. Cela permet aussi une gestion de crise pour chaque soldat individuel.

Aussi, chaque arme possède sa propre identification. Si par malheur des PMCs tentaient de se rebeller, de trahir leur employeur ou que leurs armements seraient entre de mauvaises mains, leur arme est automatiquement verrouillée. L'IA qui contrôle SOP est secrètement bien protéger au sein d'ArmsTech Security où il a été développé, et au Pentagone.
L'importance des PMCs est devenue indéniable. Bien moins coûteux à payer qu'à entretenir une armée régulière, ces mercenaires sont également bien plus sûrs. Le nombre de victimes civiles a diminué de manière importante et les violations des droits de l'homme au combat sont en net recul. Tant que les PMCs sont enregistrées, les activités de leurs soldats sont constamment contrôlées. C'est pourquoi, l'ONU autorise très vite ces armées militaires privées, alors que les Etats-Unis se sont abstenus lors du vote de la résolution. Ainsi, a commencé le déclin des armées régulières dans le monde. Les PMCs ne constituent déjà pas moins de 60% de toutes les forces armées combattantes en zones de conflit, devant ainsi les armées régulières.


En réalité, Washington forçait le monde à utiliser ces PMCs sans rendre compte des ses intentions. Les USA ont transformé la guerre en une activité économique et ont beaucoup exporté de puissance militaire. Les économistes y ont donné le nom d' « économie de guerre » car elle remplace l'économie de Pétrole qui est en perte de vitesse. La guerre est au 21ème siècle ce que le pétrole était au 20ème : LE pilier qui supporte l'économie mondiale. Intéressées que par le profit, les PMCs ont tout intérêt à ce que la guerre reste toujours présente sur la Terre, et chaque jour, il y a toujours plus de réfugiés de guerre dans le monde. Ces nouveaux mercenaires sont issus d'armées étatiques, des armes sans pilotes et surtout sont de plus en plus jeunes, faisant de cette guerre par procuration la nouvelle Guerre froide. Une guerre perpétuelle qui dérange plus d'un pays, tout comme l'ONU, mais qui ne l'affronte pas de peur que l'économie de guerre ne s'effondre. Ainsi, il n'est pas rare de voir se battre des PMCs contre des PMCs, une guerre par procuration entre professionnels, des victimes type de l'économie de guerre. L'absurdité de la guerre est à son paroxysme.

C'est dans ce contexte que l'ont retrouve un Solid Snake qui a curieusement l'apparence d'un homme âgé. Fatigué, cheveux blancs, moustache et peau ridée, il n'a pourtant que 42 ans. Son fidèle ami Otacon ne peut expliquer cette vieillesse prématurée, tout comme les nombreuses analyses qui ne peuvent cibler la cause de façon précise. Ses symptômes de vieillissement précoces suggèrent visiblement un syndrome de Werner classique. C'est avec fatalité que Solid Snake sait qu'il n'en a plus que pour un an tout au plus. Et la disparition de Naomi n'explique pas le virus FOXDIE que Snake traîne depuis les évènements de Shadow Moses en Alaska.



A bord du Nomad, un grand avion de transport privé qui sert de refuge à Snake, Otacon et Sunny, le colonel Campbell vient demander l'aide à Solid Snake lors d'une visite inattendue. Roy Campbell travaille aujourd'hui pour une organisation du conseil de sécurité de l'ONU, le personnel d'analyse et d'évaluation du comité d'inspection et de suivi des PMCs. Campbell est tombé sur des informations dans son travail. Ils ont enfin retrouvé Liquid Ocelot. Snake apprend de son vieil ami que parmi les PMCs, cinq sont assez grande à l'échelle mondiale. On en trouve deux aux USA, une en France, une en Angleterre et une en Russie. Toutes les cinq sont dirigées par une société écran qui joue le rôle de maison mère. Cette maison mère porte le nom de « Outer Heaven » et est dirigée par Liquid Ocelot. Malheureusement, ce dernier prépare une insurrection. Liquid est bien mort à Shadow Moses, mais son esprit vit toujours pour une raison inexpliqué dans le corps de l'homme qui s'appelait Ocelot.


Liquid Ocelot veut propager davantage la guerre pour recréer la monde parfait dont Big Boss a toujours rêvé : un monde dans lequel les soldats auront toujours leur place. Pour ce faire, Liquid Ocelot serait capable détourner le SOP à son avantage. C'est pourquoi, Campbell demande à Snake de mettre un terme à l'insurrection de Liquid avant qu'il ne soit trop tard. Un assassinat qui cible le propriétaire d'une grande multinationale, qui plus est de PMCs, se doit de rester secret. De plus, ce n'est pas une mission officielle commanditée par Washington, et encore moins d'une demande de l'ONU. Liquid Ocelot se trouve pour le moment au Moyen-Orient. Là bas se joue une guerre entre rebelles constituée de minorités ethniques et le régime au pouvoir. Les PMCs qui compose la majeure partie de l'armée au pouvoir est sous le contrôle de Liquid Ocelot.