Sur le Nomad, Naomi fait la connaissance de la petite Sunny. Cette dernière est très timide. Mais Naomi insiste, et lui apprend à cuire des oeufs. Depuis longtemps, Sunny ne s'était pas fait de nouvelle amie. Elle raconte alors à Naomi que sa maman s'appelait Olga...

Un peu plus tard, Naomi explique à Otacon que Liquid est en Europe de l'Est à la recherche de la dépouille de Big Boss, ce qui étonne le scientifique. En fait, le corps de Big Boss est la clé finale pour permettre à Liquid d'accéder à la SOP. Les clés de ce Système sont le code génétique et les données biométriques de Big Boss, explique t-elle. Sans ça, impossible d'accéder au Système. Pendant tout ce temps, Liquid faisait des tests. Deux tests pour être plus précis. Le premier, celui qui s'est déroulé sous les yeux de Snake au Moyen Orient, utilisait le code génétique de la puce ADN de Liquid. Dans le deuxième en Amérique du sud, il a utilisé le code ADN et les données biométriques extraits du sang de Snake prélevé lors des analyses de Naomi. Cependant, Liquid a absolument besoin de l'original, car un substitut ne peut pas lui suffire. L'IA qui contrôle ce Système utilise un IDS optimisé et très agressif.
Elle utilise un code spécial pour inspecter les commandes et les données circulant dans le réseau. Toute donnée non-conforme à ce code est traitée comme un objet étranger et est expulsé. C'est un peu comme les virus sont tués par les globules blancs dans nos corps. Le programme d'authentification de cet IDS se base sur un programme d'identification génétique que Naomi a aidé à développer pour FOXDIE. Les commandes hôtes ne fonctionnent bien que si le code correspond parfaitement. Mais si l'ADS suspecte un intrus essayant d'entrer dans le système, il enregistre son code génétique sur une liste noire. Ce code est ensuite bloqué et ne peu plus être réutilisé pour accéder au Système. C'est pourquoi, si un substitut est utilisé lors d'un test, Liquid doit trouver un nouveau code d'accès génétique à chaque nouvel essai.

Ni le patrimoine génétique de Snake, ni celui de Liquid ne correspond à 100% à celui de Big Boss. Snake et Liquid sont aussi similaires que possible de Big Boss, mais pourtant différents. Alors, Solidus a été créé. A proprement parler, Snake et Liquid ne sont pas non plus les mêmes. C'est pour cette raison que FOXDIE n'a affecté que Liquid à Shadow Moses et a épargné Snake. Si Liquid parvient à utiliser le code génétique de Big Boss, il aura le contrôle total de ce Système ! Snake s'étonne de tels propos, affirmant que Big Boss est déjà mort depuis longtemps. Il est donc impossible pour Liquid d'obtenir ses données biométriques. Mais calmement Naomi réfute, et elle avoue que Big Boss n'est pas mort. Big Boss est bien mort d'une mort biologique et cérébrale, mais son corps est vivant, ou plutôt ses cellules.
Liquid était déjà parti pour l'Europe de l'Est à la recherche du corps de Big Boss lorsque Snake a débarqué en Amérique du sud, parce qu'il savait dès le début que cette deuxième expérience n'allait pas marcher. Soudain, Raiden reprend conscience. Allongé et blessé, il semble être dans un très mauvais état, et n'en a plus pour très longtemps. Mais au même moment, la petite Sunny très attaché à Raiden réussi à pirater le système d'AT Security dans l'espoir de guérir son sauveur. Mais Naomi lui dit tristement que le sang de Jack a besoin d'une dialyse, et que l'équipement adéquat n'est pas à bord du Nomad. Le sang de Raiden est de l'ancien sang artificiel autrefois utilisé par l'armée, appelé « White Blood ». Ça a fait un moment qu'il est utilisé et qu'il a besoin d'être dialysé, ou en d'autres mots : filtré, comme le feraient les reins en temps normal. En ce moment, il est en pleine auto-intoxication. Alors, Sunny se met de plus belle à pianoter son clavier d'ordinateur à la recherche d'une solution. Mais Raiden trouve encore la force de dire à Snake d'aller là-bas, en Europe de l'Est. « Ils ont l'équipement susceptible de me guérir. Le Docteur Madnar m'a déjà sauvé la vie. » dit péniblement Raiden avant de s'écrouler lourdement. Madnar est un expert international en cybernétique, précise Otacon. Il travaille en toute clandestinité, ce qui favorise la situation dans laquelle ils sont. Sans plus tarder, le Nomad se dirige donc vers l'Europe de l'Est, rattraper le temps perdu.

La nuit est tombée, le Nomad est toujours dans le ciel en direction de l'Europe. Otacon travaille encore sur son PC, alors que Sunny est plongée dans un profond sommeil, et que Snake, couché, ne cesse de mordiller sa cigarette... Naomi s'approche d'Otacon pour prendre de ses nouvelles. Elle semble s'intéresser à lui plus que jamais. C'est sans doute lié à la chose qu'elle vient de déclipser de son collier avec hésitation.
Intéressé par la jeune fille qui se trouve sur l'un des écrans d'Otacon, Naomi apprend que cette femme était Emma, la soeur d'Otacon, et qu'elle a été tuée par Vamp, ce qui semble beaucoup la troubler. Naomi est Otacon semble être très proches dans leur conversation, c'est pourquoi Otacon embraye sur le cas de Sunny, sans doute gêné par la situation. Sunny est une petite fille très intelligente pour son age dit-il. Elle a été enlevée par les Patriotes tout de suite après sa naissance. Elle n'a jamais connu ses vrais parents. Sunny a passé toute son enfance « à l'intérieur » du Net. C'est pour ça qu'elle a des problèmes à s'exprimer. Sa maison, c'est son ordinateur. Elle voit l'extérieur que de l'intérieur. Sunny est toujours à l'intérieur, à la recherche d'elle-même et de sa famille, en essayant de trouver qui elle est, et où elle va. Elle pense pouvoir trouver ces réponses dans une machine connectée au monde par un câble. Elle passe ses journées là-dedans, à chercher. Pour Sunny, c'est sa maison. Elle n'a jamais exprimé aucun désir de sortir du Nomad. Et Otacon redoute quand ça arrivera, car il est un peu inquiet à l'idée de la laisser sortir.

Cependant, Sunny a aidé Otacon à construire le MK II à partir de document et de brevets top secrets trouvés sur les réseaux Intranet de différents labos de recherche. C'est elle qui a réussi à décrypter le mail de secours de Naomi. Cette nouvelle étonne Naomi qui discrètement jette un coup d'oeil vers la paume de sa main où est caché l'objet qu'elle avait détaché de son cou. A ce moment, Naomi tient des propos à double sens. Elle explique qu'elle a le sentiment que Sunny va bien s'en tirer. Otacon ne comprendra sur le moment que le premier degré de leurs significations à savoir que tout se passera bien pour Sunny à l'extérieur. Les deux tourtereaux termineront la nuit ensemble, à l'abri de tous les regards, dans l'hélicoptère au fond de la calle du Nomad.