De retour sur le Nomad, Snake visionne avec Otacon les dernières images du Mk II qui a pu s'infiltrer sur le bateau de Liquid lors des évènements sur la rivière Volta. Ils apprennent que Liquid veut lancer un missile nucléaire furtif sur JD. Cependant, il ne peut contrôler un missile avec le Système du GW. Les armes de destructions massives sont toujours sous le contrôle de JD. Liquid ne peut que contrôler leurs armes légères et lourdes. Mais Liquid sait où trouver les bombes que les Patriotes ne contrôlent pas. C'est là que REX rentre en jeu. Liquid Ocelot a déjà identifié la position de JD grâce à GW. C'est un satellite en orbite du XXème siècle, dissimulé comme un débris spatial. Avec une bombe furtive, il n'est pas la peine de s'inquiéter des Patriotes risquant de l'intercepter. Une fois JD, l'IA centrale, détruite, la priorité de GW passera de niveau 1. Et tous les systèmes qui étaient sous le contrôle de JD passeront sous le commandement de Liquid.
GW, l'IA qui était à bord de l'Arsenal Gear il y a cinq ans, n'a pas été détruite par le ver d'Emma. Liquid a pu le récupérer, le réparer et l'utiliser comme couverture dans le Système. JD est incapable de reconnaître GW même si elle est à l'intérieur du Système des Patriotes.

GW a été considéré comme perdu alors qu'il était encore relié. En d'autre mot, GW est un angle mort. L'utilisation de GW a permis à Liquid d'intervenir sur l'IA de l'intérieur au lieu de l'extérieur. Il est entré en contact sous couvert du code génétique de Big Boss, en trompant le système de détection des menaces. C'est pour cette raison qu'ils ont rendu Arsenal Gear fou furieux il y a cinq ans.

Campbell leur apprend que les systèmes militaires US sont désormais tous aux mains de Liquid. Les systèmes régionaux sont éteints. Pour la première fois les armes se taisent sur toute la Terre. Cette fois, les informations ne peuvent plus être contrôlées. L'économie de la guerre est lentement arrivée au point mort. Il est difficile pour la Maison Blanche de minimiser cette proportion. Les actions liées à l'économie de guerre sont déjà en chute libre. L'insurrection de Liquid va bientôt commencer. Il essayera d'abord de détruire le Système construit par les Patriotes pour contrôler les USA et le reste du monde. Et pour ce faire, Liquid prévoit une frappe nucléaire sur JD dans l'espace. Il y a deux ans, les Etats-Unis ont converti leur arsenal nucléaire en charges de rechanges fiables : les RRW. Le cours des RRW est désormais entièrement sous contrôle d'ID par le Système SOP. Pour pouvoir les contrôler, Liquid aurait besoin d'une autorité suprême de JD. Et en cas d'urgence, ces charges peuvent être désactivées à distance. Toutes les anciennes bombes nucléaires ont été mises hors service lors du déploiement de leurs remplaçants. Le plan de Liquid consiste à s'emparer du REX et de son canon à rampe. Rex a été abandonné avant la mise en ouvre du Système Sons of the Patriots. Le canon de REX peut lancer un missile nucléaire dans l'espace sans restriction du Système. Rex se trouve toujours sur Shadow Moses, en Alaska...

En ce moment, à bord du Missouri, Mei Ling utilise la dernière transmission du Mk II pour prévoir l'itinéraire le plus probable du navire de Liquid. Ce dernier se trouve bien en ce moment sur l'île de Shadow Moses. Le niveau des océans augmente à cause du réchauffement de la planète. Bientôt, tout l'archipel Fox va être submergé par l'océan. La venue de Liquid sur Shadow Moses ne peut signifier q'une chose. Il va bien utiliser REX. Dans tous les Metal Gear, on a implanté des ID de Système, mais pas à REX. Le centre de recyclage de Shadow Moses est resté intact depuis l'incident, il y a neuf ans. Le président d'ArmsTech et le chef du DARPA ont été tués, et le Secrétaire à la défense a été arrêté. Une fois l'incident de Shadow Moses terminé, il ne restait plus une seule personne qui savait ce qui s'y était passé. Les données ont été falsifiées ou effacées pour ne laisser aucune trace. Et tous les témoins comme Mei Ling ont été mutés dans des bureaux pour cette même raison. REX et les bombes devraient être intacts, là où ils étaient il y a neuf ans. Snake et Otacon doivent à tout prix arrêter Liquid tant qu'il est encore temps. Quant à Mei Ling, elle se dirige également vers l'île abandonnée pour apporter son soutien. Son bateau, le Missouri, est presque le seul navire de la flotte à pouvoir encore bouger, car il avait été décommandité avant la mise en place du Système...

Couché sur un lit, Raiden est toujours sous traitement d'une dialyse. Mais malgré sa faiblesse, il supplie Snake de l'accompagner. La petite Sunny, qui s'occupe de lui n'est pas du tout de cet avis. Mais Raiden est obstiné. Snake refuse parce qu'il a une famille, alors que lui n'a pas de futur. Dans quelques mois, Snake va devenir une arme de destruction massive...