Aux trousses de Liquid, Snake, Otacon, Meryl est Johnny se retrouvent dans la salle de briefing du Missouri. Mei Ling y fait un exposé sur la situation. Outer Haven traverse en ce moment même le Pacifique en direction du sud à une vitesse de 33 noeuds. Malheureusement, le Missouri se fait distancer à un rythme d'environ deux miles nautiques par heures. La cible de Liquid est donc JD, un satellite militaire américain dissimulé sous la forme de débris en orbite. Haven va devoir faire surface pour utiliser le canon à rampe contre JD. En calculant l'orbite de JD, il est possible de pouvoir prévoir l'endroit où Haven va immerger. Dans 15 heures, JD sera au-dessus de la mer de Béring, plus précisément à 494 miles nautiques de détroit de Béring. Haven sera en position dans cette zone. Le rayon de dommage des bombes lancées par le canon à rampe du REX n'est que d'environ 300 mètres. La cible est un satellite se déplaçant à 10 kilomètres par secondes. Liquid a besoin de s'approcher au maximum pour obtenir le degré de précision nécessaire. Tant que JD n'est pas au périgée, Liquid ne lancera pas sa bombe. C'est pourquoi, le Missouri peut utiliser ce temps-là pour le rattraper. Quand Haven s'arrêtera, le Missouri prendra une heure pour le rattraper. Après ça, le Missouri doit frapper vite avant que les préparations de lancement du Haven soient terminées. En d'autres mots, le Haven va devoir émerger pour tirer avec le canon à rampe. Quand il émergera, le Missouri le verra. Ce dernier fera une approche rapide et une équipe de frappe sera envoyée. L'objectif du Missouri est double : empêcher le lancement de la bombe, et détruire la programmation du GW. L'ennemi se fie entièrement à l'électronique pour détecter les menaces. Ils ne pourront donc pas voir le Missouri avant d'émerger. Ensuite, l'équipe de frappe va être catapultée au moment exact où le capot blindé du Haven s'ouvrira. Elle s'introduira dans la salle du serveur physique du GW et l'infectera avec une série de vers. Liquid est déjà retranché à l'intérieur du réseau des Patriotes, il ne peut pas se permettre de fermer GW avant que l'équipe de frappe ne puisse rentrer. Sinon détruire JD ne servirait à rien. Le couloir menant au GW est défendu par des armes à énergie dirigée, émettant un certain type de micro-ondes. Tout être vivant qui serait touché commencerait aussitôt à s'évaporer. «Une sorte de four micro-onde géant, s'exclame Snake, il faut vouloir mourir pour entrer là-dedans. On dirait un boulot parfait pour moi.» dit-il sarcastiquement. En dehors du couloir, les soldats de Liquid sont très nombreux, et à l'intérieur du couloir, des robots armés attendent l'équipe de frappe.


Toutes ces informations précises étonnent Snake qui se demande d'où elles proviennent. Otacon se retourne vers Snake et lui explique que c'est Naomi qui les a aidé aux préparations pour stopper le lancement du Haven. Toutes ces données sur l'intérieur du Haven viennent d'elle. Si elle est montée dans le Nomad, c'était surtout pour être aux cotés d'Otacon. Mais elle a fini par se tourner vers Sunny. Naomi a laissé ses plans dans les mains de Sunny. Toute l'opération repose sur les données qu'elle leurs a laissées. Ce qui est sûr, c'est qu'elle voulait arrêter Liquid. Naomi travaillait sur un programme pour détruire le GW mais elle n'a pas pu vraiment le finir. Elle a donc passé le relais à Sunny. La petite fille est allée fouiller dans la bibliothèque d'Otacon pour trouver un code source à utiliser pour le terminer. Au final, elle a trouvé. C'était la série de vers d'Emma. Sunny a pris le de code d'Emma et l'a intégré au programme de Naomi. Ce qu'a fait Sunny ressemble fort à Emma, mais en mieux. Le ver de Sunny détruit l'intellect de l'IA en déclanchant une apoptose dans les cellules. Une fois téléchargé dans GW, il va faire de vrais ravages.

Sur le pont, les préparatifs vont bon train. Snake et Otacon ont la surprise d'y voir Drebin. Ce dernier explique qu'il est là pour aider Snake. Les affaires marchent moins biens depuis que Liquid contrôle le Système. Comme toutes les armes dans le monde sont verrouillées, les seuls à vouloir se battre aujourd'hui se trouvent sur le Missouri. Drebin a blanchi les ID des soldats présents sur le Missouri et leur a donné de nouvelles armes sans ID, y compris les catapultes sur lesquelles Snake, Meryl et Johnny vont monter pour s'introduire dans le navire de Liquid. Bientôt, Haven va émerger. L'heure est venue pour Snake, Meryl et Johnny de s'installer sur les catapultes. Au Codec, Campbell leur donne ses dernières recommandations. Le navire de Liquid, Outer Haven, est une version modifiée d'un modèle Arsenal Gear qu'il a volé aux Patriotes. L'intérieur est truffé d'Irving et d'autres robots armés. Selon les données de Naomi, l'équipage du Haven est composé d'un bataillon de soldats améliorés choisi parmi les élites des PMCs. Si Liquid réussi à détruire JD et à contrôler le Système des Patriotes, il fera de Haven son vaisseau amiral et ses PMCs se déploieront dans le monde entier. Et alors la domination armée de la Terre commencera. Alors que le Haven vient à l'instant d'émerger, le Missouri fonce droit vers le navire de Liquid. Campbell s'adresse à Meryl et lui dit qu'elle est sa plus grande fierté, quoi qu'il se passe. Le Missouri arrive à la hauteur du Haven avec le capot blindé ouvert laissant à découvert le canon à rampe de REX. Il est temps pour l'équipe de frappe de se catapulter. Si Snake et Meryl arrive à destination, ce n'est pas le cas d'Akiba qui percute la coque du Haven et chute dans l'océan...


Sur la proue, la chute est dure pour Snake et Meryl dont le saut les a séparés. Meryl explique par Codec qu'elle s'est blessée à la cheville. Elle lui dit de partir en premier, qu'elle le rattrapera. Mais des coups de feu interrompent le message de Meryl. De son coté aussi, Snake aperçoit les troupes d'élites chargées de l'arrêter. Snake se dirige rapidement vers la poupe du navire, où se trouve GW.

Lorsque Snake arrive au centre de commande, il a la désagréable surprise de voir Meryl, gisante sur le sol. Mais étrangement, elle se lève doucement, comme un pantin désarticulé. Soudainement, Meryl prend une des ses armes et se la pointe sur la tempe. Il ne faut pas longtemps à Snake pour comprendre que c'est Screaming Mantis qui est la responsable de tout ça. Un bruit de tir retenti et Meryl chute sur le sol. C'est Akiba qui vient de libérer Meryl de l'emprise de Mantis en tirant sur ses cordes invisibles. Mais la dernière B&B n'a pas donné son dernier mot. Elle tente de prendre à nouveau possession des corps de Meryl et d'Akiba. Mais l'emprise ne semble avoir aucune incidence sur Akiba. Pour en finir avec lui, elle dirige les armes de l'élite de Liquid vers lui. En tête à tête avec elle, Snake doit faire face pour la dernière fois, à une B&B. Et pas n'importe qu'elle Beast : leur chef. Malgré tous les pièges de Mantis, Snake réussi à se débarrasser de la belle, mais une autre surprise l'attend. Snake découvre que c'est Psycho Mantis la véritable tête pensante de l'unité Beauty and the Beast. Mais sans résistance, Mantis disparaît pour de bon. Comme à l'accoutumée, Drebin raconte à Snake l'histoire de Screaming Mantis.

Mantis venait de l'Amérique du Sud. Elle est née et a été élevée dans un pays ravagé par de constantes guerres civiles. Son village fut attaqué et incendié par des forces ennemies. Elle n'était encore qu'une petite fille. Pourchassée par des escadrons de la mort, elle fut séparée de sa famille. Elle a tout juste réussi à sauver sa vie, et elle a terminé dans le sous-sol de ce bâtiment. Il était rempli des cadavres qui avaient été jetés là. Presque tous avaient été torturés à mort. Elle était pétrifiée par la peur. Puis elle entendit un bruit de bottes à l'étage au-dessus d'elle, suivit de cris stridents, du genre à faire dresser les cheveux sur la tête. Elle venait de découvrir par hasard une chambre de torture improvisée. Quelqu'un avait verrouillé la porte et elle était piégée. C'était sombre, humide, et l'odeur était pestilentielle. Elle n'arrivait pas à dormir à cause des cris des personnes torturées. Alors elle se recroquevillait dans un coin de la pièce, en tremblant. Une semaine est passée, puis 10 jours. Elle a réussi à s'hydrater en buvant l'eau qui croupissait au sol, mais il n'y avait pas de nourriture. Le fait d'être enfermée dans ce genre d'endroit, rongée par la faim, l'a rendue presque folle. Les cris continuaient jour et nuit. Elle se bouchait les oreilles mais ça ne l'aidait pas. Et elle fut alors sauvée par une petite mante noire, qui lui apprit à bloquer ces cris, à se boucher les oreilles « intérieures ». Les mantes religieuses dévoraient leur partenaire mâle. Lorsqu'elle n'a plus supporté la faim, elle a commencé à manger des cadavres. Mais seulement les mâles. Elle ne réalisait pas qu'elle le faisait. Pour elle, c'était une mante religieuse qui dévorait ses partenaires. Comme un vrai cauchemar éveillé. Bien sûr, il n'y avait pas de mante noire. C'étaient une hallucination. Rien d'autre qu'une histoire inventée par une personne qu'elle avait créé. Son esprit instable la rendait si vulnérable, qu'ils détruisirent ensuite ce qui restait de son psychisme par des médicaments et de l'hypnose, et implantèrent la personnalité de Psycho Mantis. Ce n'était pas sa volonté qui contrôlait les B&B. mais c'est Psycho Mantis, à moitié assimilée dans son esprit, qui tirait les ficelles. Screaming Mantis n'était qu'une autre marionnette. Elle a en tous cas survécu plusieurs semaines dans ce trou à rats et a réussi à en sortir.

Une fois la petite histoire de Drebin terminée, Snake continue son chemin en direction du GW. Mais les gémissements de Meryl lui rappellent qu'elle est toujours là. Meryl va bien. Mais aucune trace d'Akiba. Pas le temps de chercher. Une nouvelle vague d'élite de Liquid apparaît rapidement dans la salle. Meryl ordonne avec tristesse à Snake de continuer pour détruire GW. Elle va rester là et va tout faire pour le couvrir. Snake regarde une dernière fois Meryl, avant de s'engouffrer dans le couloir.

Dans la salle de commandement, Meryl se débrouille tant bien que mal face aux unités Frog de Liquid. Mais, désespérée, elle vide bientôt son dernier chargeur. L'ennemi continue à venir en nombre. Elle n'en a plus pour longtemps. Heureusement pour elle, Akiba vient à vite son secours, armé jusqu'aux dents grâce à Drebin. A deux, ils vont tenir leur position grâce à un talentueux travail d'équipe. Dans le combat, Meryl demande quand même à Johnny pourquoi Mantis n'a pas pu le contrôler. Pour pouvoir manipuler le comportement des gens, Mantis utilisait leurs nanomachines. Akiba n'en a pas, donc pas de contrôle. Quand il devait faire leurs piqûres obligatoires, Akiba arrivait toujours à y échapper. Non pas parce qu'il s'attendait que de tels problèmes allaient un jour se produire, mais parce que, tout simplement, Akiba déteste les seringues. C'est pour cette raison que Johnny n'était pas synchronisé avec le reste de la Rat Patrol. Il essayait de suivre les données de toute l'équipe sur son ordinateur corporel, mais en vain. Sans nanomachines, Akiba n'était pas affecté au Moyen Orient ou sur le fleuve Volta. Et tous ses maux de ventre, c'était parce qu'il n'avait pas de nanomachines pour les soulager. Si Johnny ne voulait pas ces piqûres, il voulait plus que tout au monde être au près de Meryl, pour la protéger. Depuis cette première fois où il a vue Meryl, dans cette cellule de Shadow Moses, Johnny a toujours aimé Meryl. Toujours en plein combat, Akiba demande en mariage Meryl qui accepte contre toute attente.