Snake respire rapidement. Agenouillé et regardant vers le sol, finalement il n'a pas eu le courage de se tirer dessus. «C'est ça» entend-il soudain «Bien. Tu peux encore rester un peu.» Snake redresse la tête vers l'auteur de ces paroles qui se trouve debout, à quelques mètres de lui. «Ça faisais longtemps Snake» continue la voix. Snake découvre avec stupéfaction que l'homme qui vient de lui parler est Big Boss! Armé d'un Patriot, ce dernier se dirige vers Snake qui recharge son arme en voyant son père marcher vers lui. C'est alors que Big Boss pointe son arme vers Solid Snake qui en fait tout autant. Mais Big Boss lâche son arme, et d'une prise rapide de CQC, il enlace Snake médusé. «Laisse tomber mon fils» lui dit Big Boss. «Je ne suis pas là pour me battre. C'est la fin, l'heure est venue pour toi de poser ton arme et de vivre» continue t-il. Big Boss prend l'arme de Snake et la jette sur le sol. Big Boss raconte à Snake que l'ère de la folie des Patriotes est terminée, qu'il est le dernier et que bientôt il ne sera plus là. Mais Snake ne comprend pas comment Big Boss peut-être encore vivant. Big Boss lui répond que le corps que Liquid Ocelot a brûlé sur le fleuve de la Volta n'était pas le sien. C'était un clone. Celui de Solidus.
Solidus était le clone parfait de Big Boss. Zero et les IA proxies qui l'ont suivi étaient convaincus que Solidus, c'était Big Boss. On avait implanté des nanomachines dans Big Boss et maintenu dans un sommeil éternel par IA proxy JD. Ils l'ont entièrement isolé. Pas seulement son corps physique, mais aussi sa volonté. La technologie était similaire à celle qu'ils avaient utilisée pour restreindre les membres des B&B. Pour réveiller Big Boss, le Système devait le détruire d'une façon ou d'une autre. Ocelot et Eva avaient deux objectifs : le ramener à la vie et mettre un terme au Patriotes. Cela signifiait détruire l'IA et tuer l'homme. JD et Zero. Juste avant que Snake télécharge le virus dans le GW, le chemin vers JD était ouvert, mais seulement via la manifestation physique de GW. C'est quand Ocelot, Eva, Naomi et Big Boss ont finalement appris l'emplacement de Zero. Pour eux rien n'était plus important. C'est dans ce but qu'ils ont mis leur grand projet en mouvement.

Eva a volé le corps de Big Boss des Patriotes et l'a reconstitué en remplaçant les parties manquantes avec des parties de Solidus et Liquid. Pour tromper le Système, Ocelot a utilisé les nanomachines et la psychothérapie pour greffer la personnalité de Liquid sur son propre esprit. Il a utilisé la suggestion hypnotique pour se transformer en double mental de Liquid. Malgré les avancées en nanotechnologie, en informatique et en contrôle génétique, ils n'ont pas trouvé de moyen de contrôler les personnes, ni de transformer leurs personnalités. Sous certaines conditions, on peut leur faire jouer un rôle bien précis, les faire agir comme quelqu'un d'autre. Big Boss n'est pas venu seul au cimetière. Zero est avec lui, sur une allée. Snake rencontre pour la première fois l'homme par qui tout a commencé. Mais Zero est un véritable légume sur une chaise roulante. Big Boss raconte à Snake que Zero a vieilli et à la fin, ses Patriotes étaient dirigés par un réseau sans forme précise. Ces proxies n'étaient qu'une petite partie d'un vaste cycle créé par Zero. Les grandes sociétés et les instituts de recherche qui constituent le complexe militaro-industriel en faisaient tous partie, eux aussi. Ils fonctionnaient grâce à des budgets attribués automatiquement par les proxies depuis des comptes sur lesquels les Patriotes conservaient leurs fonds. Ce réseau couvrait tout, de la R&D et des investissements en armes à la production et au marketing.

Cela comprenait les gens, les entreprises et même les lois qui les protégeaient. La politique et l'économie ne faisaient que reproduire le même système oppressif et uniforme. Personne n'a dû se rendre compte que c'était une grande supercherie. Une série de normes. Les Patriotes étaient ces normes : un réseau neuronal réduit à sa plus simple expression. C'est ce que les Patriotes représentaient vraiment, l'uniformité sans volonté individuelle ni changement. Mais un jour, ces normes ont soudain dévié de ce modèle, elles ont connu une mutation. C'était comme la naissance d'une nouvelle forme de vie. Le Système a trouvé un nouveau moyen pour se propager : la guerre. Les normes créées par les Patriotes pour leur état unifié sont vite devenues dépendantes d'une seule économie : l'économie de la guerre. Et la cause politique (créer un champ de bataille plus propre et plus sûr) fournissait un catalyseur bien pratique. A ce moment là, le Système n'était plus guidé par la volonté de Zero, ou de quiconque. C'est là que les normes sous la forme des IA, les héritiers de la volonté de Zero, ont commencé à se reproduire et à avoir une vie propre. L'intention d'origine de Zero était de poursuivre la volonté de The Boss et d'établir un état mondial unifié. Un « monde intérieur ». Mais ses successeurs n'ont pas accompli sa volonté. Au final, JD est devenu cette ère même, propageant sa volonté selon son bon vouloir. Et cette ère a choisi d'agir via l'économie au lieu des états-nations. Alimentée par les révolutions industrielles et numériques qui avaient précédé, cette ère a engendré une révolution économique pervertie sur le champ de bataille. Elle a créé un nouveau monde sans substance. Dans ce nouveau monde, sans idéologie, ni principe ou idéaux et sans la chose qu'elle aimait et estimait le plus : la loyauté. Il n'y avait que l'économie de guerre. C'était une erreur de jugement colossale, que Zero n'a pas anticipée. Le système américain s'écroulant, la société que les Patriotes avaient construite retournait à l'état d'esquisse. Zero était à la source de tout cela. Assis dans son fauteuil, il n'en a même pas conscience. Il ne se doute absolument pas qu'il a conduit le monde à la ruine.

Malgré une telle mésentente entre Zero et Big Boss, ce dernier dit à Snake que sa haine a disparu alors qu'il est à nouveaux face à lui. Big Boss ne ressent que de la nostalgie et de la pitié. Est-ce que Zero détestait vraiment Big Boss, ou avait-il peur de lui ? Il est désormais trop tard pour le lui demander. Les membres d'origine : Para-Medic, Sigint, Eva, Ocelot sont tous morts. Il ne reste que Zero. Big Boss s'approche de Zero et dit à Snake que tout a un commencement. Mais ça ne commence pas à 1. Ça commence bien avant ça, dans le chaos. Le monde est né à partir de zéro. Le moment où le zéro devient 1, c'est le moment où le monde prend vie. 1 devient 2, 2 devient 10, 10 devient 100. Faire tout retourner à 1 ne résout rien. Tant que le zéro demeure, le 1 redevient 100. Leur objectif était d'éliminer Zero. Même les puissants Patriotes ont commencé avec un seul homme. Les désirs de cet homme sont devenus énormes. Surdimensionnés. La technologie absorbée commença à manipuler l'économie. Avant de s'en rendre compte, ils avaient créé une bête. Ils avaient aidé Zero à devenir 100. Ils ont partagé ses péchés. Et pour cette raison, Big Boss va en personne renvoyer Zero à. zéro. C'est alors que Big Boss coupe en douceur l'appareil qui maintient en vie Zéro. Devant Snake, et dans les bras de Big Boss, Zero plonge dans l'obscurité éternelle. Désormais, les Patriotes ne sont plus.

Snake demande à Big Boss si lui aussi va retourner à zéro. Son père lui répond qu'il l'a déjà effacé deux fois, et aujourd'hui sera la troisième. Snake ne comprend pas, et Big Boss continue son discours. FOXDIE que Zero a injecté en Snake a probablement déjà commencé à ronger le corps de Big Boss. Ce FOXDIE a aussi tué Eva et Ocelot. «C'est Naomi qui m'a tout dit» précise Big Boss avant de s'effondrer sur le sol. Big Boss explique à Snake que les Patriotes ont recommencé. Ils ont utilisé Snake pour tuer Big Boss. Après tout, les Patriotes ne sont rien de plus qu'un programme. Ils ne savent que répéter continuellement la même chose. Big Boss demande à Snake de l'aider à se relever et de l'emmener à la tombe de The Boss où il avait déjà posé des fleurs. Snake s'exécute et Big Boss lui dit qu'il y a une autre chose que Naomi voulait qui lui dise. C'est à propos du vieux FOXDIE dans le corps de Snake, celui qui a muté. Le nouveau FOXDIE que les Patriotes ont implanté continue à se multiplier. En même temps, il empêche le vieux FOXDIE muté de se reproduire. Le nouveau FOXDIE est en train de supplanter l'ancien. Naomi l'a confirmé dans son dossier de suivi. Les mutants disparaissent. Bientôt, ils auront tous disparu. Snake est soulagé. La souche mutante ne va pas provoquer une épidémie. Mais un jour, le nouveau FOXDIE commencera lui aussi à muter et à représenter une nouvelle menace. Enfin, si Snake arrive à rester en vie aussi longtemps. Le vieillissement affecte tout le monde. Impossible de le stopper ou de lui échapper. Big Boss conseille à Snake de ne pas gâcher la vie qu'il lui reste en se battant. Big Boss n'a jamais considéré Snake comme un fils. Mais il le respecte en tant que soldat et en tant qu'homme. Si Snake avait été à la place de Big Boss, il n'aurait peut-être pas fait les mêmes erreurs que lui.
Big Boss raconte à Snake que quand il avait tué The Boss de ses propres mains, il était déjà mort. Big Boss a compris que The Boss avait raison. Big Boss a enfin saisi la signification derrière ce que The Boss a fait. Enfin, Big Boss découvre la vérité derrière le courage de son ancien maître. Il ne s'agit pas de sauver le monde. Il s'agit de faire de notre mieux pour laisser le monde tel qu'il est. Il s'agit de respecter la volonté des autres et de croire en la sienne. C'est pour cela que The Boss se battait. Devant sa tombe, Big Boss la salue une dernière fois avec les forces qui lui restent.

Il est temps pour Big Boss de partir à son tour. Avec lui, les dernières braises de cette guerre stérile s'éteindront. Et enfin, les vieux démons auront disparu. Une fois la source du mal retournée à zéro, un nouveau 1, un nouvel avenir naîtra. Et Snake pourra habiter dans ce nouveau monde. Pas en tant qu'un serpent, mais en tant qu'homme. Zero et Big Boss, Liquid et Solidus, ils ont tous participer à une guerre sanglante pour leur liberté. Ils se sont battus pour échapper aux nations, aux systèmes, aux normes et aux époques. Malgré leurs efforts, la vraie « liberté » qu'ils ont trouvée était à l'intérieur, piégée dans ces limites. The Boss et Big Boss ont peut-être choisi des chemins différents, mais ils étaient tous les deux piégés dans cette cage de « liberté ». Mais pour Snake, la liberté lui a été donnée. La liberté d'être en dehors. Snake n'est plus l'outil de personne, le jouet de personne. Snake n'a plus à être prisonnier de son destin. Il n'est plus une graine de la guerre. Il est temps pour Snake de voir le monde extérieur de ses propres yeux. Son corps et son âme lui appartiennent désormais.

Assis devant la tombe de The Boss, Big Boss met un cigare entre ses lèvres, et dit à Snake de l'oublier. De les oublier tous. De vivre pour lui-même, et de donner un deuxième souffle à sa vie. Et à ces mots, il fait tomber son briquet. Il n'a plus la force de le ramasser. Son cigare suit le même chemin. Big Boss a plus en plus de mal à bouger. Une larme coule sur sa joue, et il s'adresse à The Boss. «Il suffit d'un serpent. Non, le monde serait mieux sans serpent.» Snake ramasse rapidement le briquet et le cigare et l'allume soigneusement. Il le met entre les lèvres de son père mourant. «C'est si bon, n'est-ce pas ?» Big Boss lui adresse ces derniers mots avant de laisser tomber son cigare définitivement...